I de allra flesta fall kan diagnos endast ställas genom att man tar bort mjölkproteinet ur kosten en tid och sedan gradvis tillsätter det igen.

Detta ska ske under läkares ledning. Symtomen ska försvinna och återkomma tydligt vid kostförändringen. Ibland kombineras detta med tarmundersökning, blodprov eller hudtest. Man kan vara allergisk mot mjölkprotein även om pricktester och blodprov är negativa.