Diagnosen ställs genom att man tar bort sojaproteinet ur kosten en tid och sedan gradvis tillsätter det igen. Detta ska göras under ledning av en läkare som iakttar hur symtomen utvecklas.

För att diagnosen sojaproteinallergi ska kunna ställas måste symtomen försvinna och sedan återkomma tydligt när man tar bort och återinför sojaprotein i kosten. Ibland kan metoden kompletteras med tarmundersökning, blodprov och hudtest.